Még újszerű autók esetén sem szabad elhanyagolni a légkondicionáló karbantartását. Az ok egyszerű: a berendezés utastéri hőcserélőjén, amely üzem közben hideg, lecsapódik a pára. Az így képződött víz részben kicsurog, valamennyi pedig ott marad a hőcserélőn. Ez, a kondi (és az autó) leállításakor ismét elpárolog, egy nedves közeget hozva létre a szellőzőrendszer érintett szakaszán. Ez a nedves felület megköti a levegőben lévő porszemcséket, így kialakul egy olyan réteg, amelyben a baktériumok is jól érzik magukat.
Ezért kell évente legalább egyszer fertőtlenítő kezeléssel kitisztíttatni, vagy házilag alkalmazható eszközzel kitisztítani a kocsik szellőzőrendszerét. És ezért fontos a rendszeres pollenszűrő-csere is, mert az eltömődött szűrő egyrészt gátolja a légcserét, másrészt utat engedhet a koszos levegőnek. Ha más nem, akkor a légkondicionálóból bekapcsoláskor érkező poshadt szag jelzi, hogy ideje tisztítani a rendszert!
A tisztításra többféle módszert dolgoztak ki, és mind elsősorban a fertőtlenítésre épít. A szervizekben rendszerint egy csőrös spray-t használnak, amelynek a hosszú, a szórófejre csatlakoztatható csövét bedugják a szellőzőrostélyon, és kifelé húzva fújják ki a flakon tartalmát: ami tisztít és fertőtlenít. Nagyon jó módszer a gőzmosással foglalkozó autómosóké: ők a gőzfejlesztő készülékükből a nagynyomású gőzt fújják be a szellőzőrendszer rostélyán (előtte a szellőzőn nyitni kell minden csatornát). A gőz fertőtlenít és ki is fúvatja a lerakódásokat.
Otthoni megoldásként kaphatók fertőtlenítő spray-k, amelyeket járó motorú, maximumra kapcsolt légkondicionáló mellett, belső keringetésre zárt szellőzőrendszerű autó utasterébe kell használni. A spray-t le kell tenni például a könyöklőre, és kifújja magából a hatóanyagot, amit a kocsi rendszere átkeringet (csukott ajtók-ablakok mellett). A gyártótól függő hatóideig kell járatni így az autót, majd az idő leteltével alaposan kiszellőztetni az utasteret. Gyors, költséghatékony módszer.
Azonban vannak olyan elhanyagolt kocsik, amelyeknél ezek a módszerek nem segítenek. A hőcserélőn olyan szinten rakódhat le a fent említett módon kialakuló kosz, hogy egy mohaszerű penészes réteg alakul ki. Ezt csak a szellőzőrendszer megbontásával, a hőcserélő kiszerelésével lehet eltávolítani: ehhez bizony klímás szakember kell. És akkor is szakműhelybe kell vinni az autót, ha a légkondi nem hűt rendesen, vagy teljesen feladta a harcot.
Mivel a klímaberendezések nagy nyomáson működnek és gázt keringetnek, minimális gázveszteséggel a kocsi öt éves korától lehet számolni. Egyrészt a természetes veszteség miatt, később pedig az öregedő csövek porózussá válnak, a csatlakozások ereszteni kezdenek. Ezt nevezhetjük normális anyagfáradásos jelenségnek. Szerencsés esetben a klímagáz lefejtése és a rendszer újratöltése megoldja a problémát. A napi gyakorlat szerint az évi egy újratöltés belefér.
Ennél gyorsabb gázvesztés esetén azonban már érdemes megkerestetni a hiba okát. Rendszerint a csövek, csatlakozók a hibásak. A hőcserélők is lehetnek rosszak, ez kissé drágább javítást jelent. Súlyosabb esetben lehet kompresszor hiba, kompresszor tengelykapcsoló hiba. Kevesen cseréltetik a légkondicionáló rendszerben lévő szárítószűrőt, pedig ha ez tönkremegy, rossz esetben kiszabadulnak belőle a kis szilikongolyócskák, amelyek dugulásokat okoznak a rendszerben, ami csak teljes szétszereléssel és aprólékos tisztítással orvosolható.
